Το 1978 ξεκίνησε την καριέρα του από τον Αστέρα Αστέρα Περάματος που είναι η ομάδα του χωριού του. Από το 1981 μέχρι το 1985 φόρεσε τη φανέλα του ΟΦΗ με τον οποίο έζησε καλές στιγμές συμβάλλοντας και αυτός σε πολλές επιτυχίες που έκανε τότε η ομάδα. Από το 1988 μέχρι το 1990 αγωνίστηκε στην ΕΑΡ, ενώ το 1991 κρέμασε τα ποδοσφαιρικά του παπούτσια στον Ποσειδώνα Ηροδότου.

Η εκκίνηση της προπονητικής του καριέρας ήταν ο Αστέρας Περάματος στον πάγκο του οποίου έκατσε από το 1991 έως το 1996. Στην συνέχεια ο Πετράκης κάθισε στον πάγκο του Ηροδότου με τον οποίο πανηγύρισε την άνοδο στην Γ΄Εθνική.

Το 1997 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία του ΠΑΝΟΜ, όπου και κάθισε για τρία ολόκληρα χρόνια. Μάλιστα με την ομάδα πανηγύρισε την άνοδο στο περιφερειακό πρωτάθλημα βγάζοντας την για πρώτη φορά στις επαγγελματικές κατηγορίες. Το 2003 διετέλεσε για έξι μήνες συνεργάτης του Ζντένεκ Σκάζνι στον ΟΦΗ, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε τον Ηρόδοτο, τον οποίο ανέβασε στη Γ’ Εθνική (2004).Ο Γιάννης Πετράκης το 2005 για πρώτη φορά ανέλαβε ομάδα που ήταν εκτός Κρήτης, με τον Αστέρα Τρίπολης να αποτελεί μεγάλη πρόκληση για τον ίδιο. Μ’ αυτόν ανέβηκε η ομάδα της Αρκαδίας στη Γ’ Εθνική. Στη συνέχεια ανέλαβε τις τύχες του Αστέρα Ρεθύμνου με τον οποίο πανηγύρισε ακόμα μια άνοδο στην Γ’ Εθνική. Αφού ακολούθησαν συνεργασίες του με Ιωνικό, Εθνικό Αστέρα, ΑΟ Χανίων, την σαιζόν 2012-2013 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία του ΟΦΗ και συγκεκριμένα στις 7 Ιανουαρίου 2013.

Έκανε ντεμπούτο σε αγώνα σούπερ λίγκα όντας προπονητής του ΟΦΗ και συγκεκριμένα στο παιχνίδι με την Ξάνθη. Ο Ρεθυμνιώτης προπονητής έκατσε μέχρι το τέλος της σεζόν στον πάγκο των Κρητικών και κατάφερε έστω και την ύστατη στιγμή να σώσει την ομάδα. Το καλοκαίρι του 2013 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία του Εργοτέλη. Το ξεκίνημα της ομάδας στην αρχή του πρωταθλήματος ήταν εντυπωσιακό, μένοντας αήττητη στις πρώτες οκτώ αγωνιστικές, ωστόσο η συνέχεια δεν ήταν ανάλογη. Ο Εργοτέλης από το τέλος του Οκτώβρη παρουσίασε μια αγωνιστική καθίζηση, με αποτέλεσμα στις 14 Ιανουαρίου 2014, η διοίκηση να προχωρήσει στην λύση της συνεργασίας με τον Ρεθυμνιώτη προπονητή. Και στη συνέχεια στις 28 Ιανουαρίου 2014 να κλείσει η συνεργασία με τον ΠΑΣ. Εδώ είναι και το μεγαλύτερο κομμάτι της καριέρας του σε ομάδες της σούπερ λίγκα. Στον ΠΑΣ κοουτσάρισε 46 παιχνίδια σούπερ λίγκ, ενώ σε ΟΦΗ και Εργοτέλη κοουτσάρισε 15 και 19 παιχνίδια αντίστοιχα.